Sąd skazuje recydywistę Calluma Lyncha na karę śmierci. Nie zostaje on jednak stracony. Egzekucja, podczas której miał zginąć, jest tylko upozorowana, a sam kryminalista trafia do tajnego laboratorium. Tam spotyka Rikkina oraz jego córkę Sofię, którzy należą do organizacji Abstergo. Wkrótce dowiaduje się, że jego nowi znajomi dysponują urządzeniem nazywanym Animusem. Zapewnia ono ludziom dostęp do zapisanych w genach wspomnień przodków, nawet jeżeli umarli oni setki lat wcześniej. Callum ma połączyć się ze świadomością Aguilara z Hiszpanii, który żył w czasach wielkiej inkwizycji i zdobył bardzo ważny artefakt - Jabłko Edenu zapewniające kontrolę nad emocjami. Wykorzystując ten przedmiot, rzekomo można wyeliminować gen odpowiadający za agresywne zachowania u ludzi. Dzięki Animusowi śmiałek przenosi się do średniowiecza. Próbując się odnaleźć w tak odmiennym świecie, odkrywa, że jest potomkiem członka tajnego stowarzyszenia Asasynów. Z czasem dowiaduje się, jak wielki błąd popełnił, gdy obdarzył zaufaniem Sofię i jej ojca.